據(jù)調(diào)查，現(xiàn)在超過25%的蔬菜農(nóng)藥殘留嚴重，危害人們的健康，解決農(nóng)藥殘留問題、提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)已迫在眉睫，復合微生物肥料的推廣是降低藥殘的一個有效途徑。

造成農(nóng)藥殘留的主要原因是大量化肥的施用，使蔬菜中產(chǎn)生硝酸鹽、重金屬等有害物質(zhì)，同時造成土壤板結(jié)、地力枯竭，使病蟲害日趨嚴重；農(nóng)藥的連年使用使土壤中和農(nóng)產(chǎn)品中有嚴重的農(nóng)藥殘留，病源菌的抗藥性也隨之加強。土壤中的病原菌日積月累、越來越多，造成土傳病蟲害泛濫。所以農(nóng)藥用量越來夜大，毒性越來越高，農(nóng)藥殘留也越來越嚴重。 

一般認為，使用復合微生物肥料是解決農(nóng)藥殘留問題一種最可行的、治標又治本的有效方法。它既有很好的肥效又能減少農(nóng)產(chǎn)品中由于大量使用化肥造成的硝酸鹽、重金屬等有害殘留，抑制和殺死病原菌和害蟲，并對土壤進行徹底的消毒，消除了病原菌和害蟲傳播的一條途徑，復合微生物肥料是生產(chǎn)無公害農(nóng)產(chǎn)品的最佳措施。只有很好地消除土壤環(huán)境中的病原菌，才能從根本上減少病蟲害，少用農(nóng)藥或不用農(nóng)藥，從而徹底消除農(nóng)藥殘留。